促进作物成长：微生物菌肥的运用，促进了刺激素即植物成长调节剂的发作，调节、促进作物的成长发育。微生物菌肥的运用，能够促进赤**、成长素和其他活性物质的发作。
改进土壤营养供应情况：微生物菌肥主要经过各种菌剂促进土壤中难溶性营养的溶解和开释。一起，因为菌肥的代谢过程中开释出很多的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的开释及螯合，有用打破土壤板结，促进团粒结构的形成，使被土壤固定的无效肥料转化成有用肥料，改进了土壤中营养的供应情况、通气情况及疏松程度。
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